باکتری ها فضای زیادی را اشغال نمی کنند. آنها از سلول های انسانی کوچک تر اند و وزنشان هم کمتر از سلول های ما است. معمولاً وزن کل باکتری های هر فرد در حدود 1.4 کیلوگرم - یا حدود 1-3 درصد وزن بدنش را تشکیل می دهد.

اصطلاح میکروبیوم وقتی برای اولین بار ابداع شد این معنی را در خود داشت: جامعه زیستی متشکل از میکروارگانیسم های هم غذا، همزیست و بیماری زا که به معنای واقعی کلمه در فضای بدن ما شریک اند ولی به عنوان عوامل مؤثر بر سلامت و بیماری نادیده گرفته شده اند. (براساس تعریف جاشوا لدربرگ، برنده جایزه نوبل)

جوامع متراکم باکتریایی در بدن انسان
سخت می توان جوامع متراکم باکتریایی و اثر متقابل آنها را دسته بندی کرد. همچنین جمعیت های پیچیده باکتریایی را نمی توان به راحتی از طریق روش های آزمایشگاهی مرسوم کشت کرد. این جمعیت ها از طریق روش های ژنتیکی مورد مطالعه قرار می گیرند. گروه های تحقیقاتی با استفاده از روش های جدید در حال شناسایی و فهرست کردن جمعیت های میکروبی و روابط متقابل آنها هستند.

آن چه درباره میکروبیوم می دانیم این است که ما بدون باکتری ها به دنیا می آییم و مادران مان اولین بار و در بدو تولد باکتری ها را به ما می دهند. حتی چگونگی تولد (سزارین شدن یا نشدن) باکتری هایی که دریافت می کنیم را تعیین می کنند. رژیم غذایی اولیه ما هم خیلی تأثیرگذار است. وقتی به سفر می رویم، وقتی عفونت می گیریم، زمانی که رژیم غذایی مان را تغییر می دهیم و ... این جمعیت های باکتریایی می توانند کم و زیاد شوند.

ما همچنین می دانیم که تغییرات باکتری ها ممکن است از راه هایی که نمی دانیم بر سلامت مان تأثیر بگذارند. ارتباط و به هم پیوستگی بین میکروبیوتا و بیماری هایی از پسوریازیس (نوعی بیماری پوستی) گرفته تا چاقی و یا بیماری های قلبی عروقی را می توان مشاهده کرد. البته تغییرات باکتریایی ممکن است به جای این که دلیل بیماری باشند ممکن است منعکس کننده تغییرات در سلامتی ما باشند.

H پیلوری، باکتری ای است که گاهی اوقات در معده، باعث افزایش خطر ابتلا به زخم معده می شود

دانشمندان هنوز نمی دانند چگونه باکتری ها را دستکاری کنند تا از نتایج آن اطمینان حاصل کنند. به عنوان مثال اگر وقتی که بیمار نیستیم آنتی بیوتیک مصرف کنیم ممکن است باکتری های خوب از بین بروند. آن چه ممکن است باکتری «خوب» به نظر برسد ممکن است در عین حال «بد» هم باشد. برخی از باکتری ها ممکن است همزمان هم با افزایش و هم با کاهش بیماری در ارتباط باشند؛ H پیلوری، باکتری ای است که گاهی اوقات در معده، باعث افزایش خطر ابتلا به زخم و سرطان معده می شود، اما با کم شدن ریفلاکس معده و مری و آسم هم در ارتباط است. حتی موارد عفونت ناشی از باکتری پروبیوتیک هم  مشاهده شده هر چند که باکتری های پروبیوتیک به طور کلی بی خطر اند.

میکروبیوم و افزایش وزن
ما همچنین می دانیم که آنتی بیوتیک ها می توانند به افزایش وزن منجر شوند. بیش از 60 سال است که مشخص شده جانوران اهلی ای که در مزارع با آنتی بیوتیک تغذیه می شوند بزرگ تر از بقیه می شوند؛ چنین موضوعی در کودکان نیز صدق می کند. ما می دانیم که اگر باکتری های روده را به موش ها انتقال دهیم می توانند باعث وزن گرفتن موش ها شوند. حتی شیرین کننده های بدون کالری هم ممکن است بر میکروبیوم های ما اثر بگذارند و باعث شوند قند خون بدون وجود هیچ گونه کالری ای افزایش یابد.

میکروارگانیسم و بیماری خودایمنی
اگر کمتر در معرض میکروارگانیسم ها قرار بگیریم می تواند به معنی بیماری های خود ایمنی بیشتر شود. سیستم ایمنی ما می تواند به خودمان حمله کند و برخی بر این باورند که افزایش بهداشت تا حدی در این زمینه مقصر است.

اگر در دوران کودکی در معرض طیف گسترده ای از میکروارگانیسم ها قرار بگیریم -به عنوان مثال در مزرعه باشیم و یا از آنتی بیوتیک ها استفاده نکرده باشیم- ممکن است در مقابل آسم محافظت شویم. باکتری های داخل ریه هم ممکن است در ایجاد بیماری هایی مانند آسم نقش داشته باشند. همچنین در معرض ویروس ها و باکتری ها قرار داشتن ممکن است بر ایجاد دیابت نوع 1 اثرگذار باشد.

پیشگیری از عفونت
دانشمندان امیدوارند پروبیوتیک ها بتوانند جلوی عوارض جانبی درمان ها را بگیرند. از جمله عوارض درمان ها، بروز اسهال پس از استفاده از آنتی بیوتیک ها است. اما انجام این کار آسان نیست. استفاده از پروبیوتیک ها حتی می تواند در زمینه مشکل در حال گسترش مقاومت در برابر آنتی بیوتیک ها مؤثر باشد.

نکته ای در ارتباط با عفونت های باکتریایی

توجه به این نکته ضروری است که بیمارانی که عفونت های باکتریایی دارند (و نیاز به آنتی بیوتیک دارند) آنتی بیوتیک مصرف کنند. همچنین مهم است که بیمارانی که مبتلا به عفونت های باکتریایی نیستند (و آنتی بیوتیک لازم ندارند) آنتی بیوتیک مصرف نکنند. تحقیقات درباره باکتری ها همچنان ادامه دارد.