روت لی مدیر بخش علوم میکروبیوم مركز ماکس پلانک معتقد است میکروبیوم برای سلامت انسان ضروری است زيرا بدن انسان تنها متشكل از سلول‌هاي انساني نيست. نقطه به نقطه بدن انسان پوشیده از ريزموجودات میکروسکوپی است و هر چه بدن شسته يا ضدعفونی شود بازهم میکروب‌ها باقی خواهند ماند. بيشترين تمركز اين موجودات در اعماق تاریک و پیچ در پیچ و کم اکسیژن روده های انسان است.

برهمين اساس دانشمنداني مانند راب نایت، محقق دانشگاه سن دیه‌گو کالیفرنیا معتقدند ما بيشتر ميكروب هستيم تا انسان. در ابتدا تصور مي‌شد در ازاي هر 10 سلول انساني يك ميكروب در بدن وجود دارد،‌اما اكنون اين آمار به نسبت يک به يک نزديکتر شده است و اگر تمامی سلول های بدن به دقت شمرده شوند،‌ تنها 43 درصد از كل بدن را تشكيل می دهند. اما اين وضعيت در زمينه ژنتيكی وخيم تر نيز می شود و انسان از نظر ژنتيكی نيز در بدن خود در اقليت است.

ژنوم انسان از 20 هزار ژن تشکیل شده است درحاليكه اما مجموعه ژن های موجودات میکروسکوپی بدن انسان بین دو تا 20  میلیون ژن است. سارکیس مازمانیان، میکروب‌شناس مؤسسه فناوری کالیفرنیا معتقد است انسان تنها يک ژنوم ندارد،‌ ژن های ميكروب های بدن نيز ژنوم ثانويه بدن را تشكيل می دهند كه عملكرد ژنوم اوليه را تقويت می كند. آنچه انسان را تشكيل داده تركيبی از دی ان ای انسانی و دی ان ای ميكروب های روده است.

ساده انگاری است اگر فکر کنیم تمامی موجودات میکروسکوپی كه در بدن حمل مي‌كنيم تاثير و تعامل خاصی در بدن ندارند. دانش به صورت مداروم در حال کشف نقش میکروبیوم ها در عملكرد دستگاه گوارش، تنظیم سیستم ایمنی و مبارزه با بیماری ها و نقش آنها در تولید ویتامین های لازم است.

به گفته نایت این موجودات میکروسکوپی به شکلی باورنکردنی با سلامت انسان در ارتباطند از اين رو باید ديدگاه خود را نسبت به میکروب ها تغيير دهيم و در رابطه ای خصمانه خود با ميكروب ها تجديد‌نظر كنيم.

آنتی بیوتیک‌ و واکسن‌، سلاح های بشر برای مبارزه با انواع بيماری های عفونی مانند آبله و سل به شمار می روند كه زندگی بسیاری را نجات داده اند اما برخی از محققان نگرانند در این مبارزه باكتری های خوب قرباني باكتری های بد شده باشند. درك بهتر ميكروبيوم ها می تواند به درک بهتر تغييراتی كه به مرور زمان در آنها ايجاد شده منجر شود و به اين ترتيب انسان در مبارزه با عوامل بيماري زا موفق تر عمل خواهد كرد.

میکروبیوم ها با بیماری های التهابی روده و پارکینسون و تاثیر داروهای ضدسرطان، شیمی درمانی و حتی افسردگی و اوتیسم و مهمتر از همه چاقي نيز  مرتبط دانسته می شوند. امروزه مشخص شده است که سابقه خانوادگی و سبک زندگی نقش مهمی در چاقی دارد اما شايد میکروب های مفید نيز بي‌تاثير نباشند.

محققان احتمال می دهند شايد ترکیب نامناسب میکروب هایی که متابولیسم غذا را در بدن انجام می دهند باعث چاقی شود. نتيجه آزمايش اين نظريه روی موش هايی كه در محيط استريل و بدون هيچ نوع ميكروبی رشد كرده بودند نشان داد ورود باكتری بدن افراد چاق به بدن موش ها آنها را چاق و ورود باكتری بدن افراد لاغر به بدن موش ها آنها را لاغر می كند. برهمين اساس پزشكان بسيار اميدوارند بتوانند از ميكروب ها به عنوان دارو استفاده كنند.

ترفر لالی، محقق موسسه تحقيقاتی ولکام تراست سانگر در بریتانیا معتقد است بیماری ممکن است باعث حذف برخی موجودات میکروسکوپی شود و هدف مطالعات وی آن است كه دوباره آنها را وارد بدن انسان سازد. به گفته او شواهد زيادی وجود دارند كه نشان می دهند ترمیم میکروبیوم یک فرد می تواند به مداوای بیماری هایی مانند کولیت اولسراتیو، نوعی بیماری التهابی روده منجر شود. به گفته او برای درمان تعدادی شناخته شده از بيماری به تركيبی از ده تا 15 ميكروب نياز است.