در گوشهٔ جنوب شرقى شبستان که از حالت مستطيل خارج شده، ۱۲ ستون سنگى هشت ضلعى وجود دارد که سرستونهاى آن به شيوهٔ مقرنس، تراش داده شده و زيبايى خاصى به مسجد بخشيده است.
انتهاى شبستان بزرگ، شبستان کوچک قرار دارد که با يک ورودى به داخل شبستان اصلى راه دارد. ابعاد طول و عرض آن ۱۲×۱۰ متر است و از نظر شکل همانند شبستان بزرگ است، ولى ساده و بدون تزئين و آرايش. يک محراب آجرى ساده نيز در ضلع جنوب آن ساخته شده است.
به استثناى ۱۲ ستون شبستان، تمام مصالح به کار رفته در بنا، از ديوارهاى طرفين تا قسمتهاى طاق و پوشش سقف، همه از آجرهايى به ابعاد ۵×۲۲×۲۰ سانتىمتر است که با ملاط گچ و خاک ساخته شده است.
مسجد سردار از دو شبستان بزرگ و کوچک ساخته شده است
در انتهاى شبستان (قسمت غربى) که متصل به شبستان کوچک است با تختهکوبى حدود يک فرشانداز را به صورت بالکن چوبى جهت استفادهٔ بانوان در آوردهاند که بيشتر قسمتهاى اين بالکن چوبى را با نقاشى و نوشته تزئين کردهاند.
قسمت پايين ديوارهاى شبستان بزرگ، مانند ازارهٔ اکثر مساجد قديمى، تا ارتفاع يک متر با کاشىهاى سبز رنگ به ابعاد ۲۰×۲۰ سانتىمتر پوشانيده شده است.
بالاى ازارهٔ مذکور، دور تا دور مسجد را يک حاشيهٔ باريک به اندازهٔ عرض يک کاشى با کاشىهاى هفت رنگ، شامل نقوش گل و بوته با رنگهاى زرد و صورتى، آبى، سبز و سفيد پوشش دادهاند. بقيهٔ ديوار در چهار طرف فاقد هر گونه اندود و تزئين است. طاقهاى سقف شبستان را با رنگ سبز رنگآميزى کردهاند و فرم چيدن آجر رواقها نيز با مهارت انجام گرفته است.
البته در سالهاى اخير تمام فضاهاى داخلى سقف مجدداً سفيدکارى شده است. تزئين چشمگير و جالب اين مسجد به شکل تراش ستونهاى سنگى شبستان بزرگ و سر ستونهاى مربع آنها که به شيوهٔ قطاربندى نزديک به مقرنس تراش داده شدهاند، مربوط مىشوند.
در سالهاى اخير، ضمن دستکارى ديگر قسمتهاى مسجد، روى ستونها و سرستونها را با رنگ روغن نقاشى کردهاند که خوشبختانه هيچگونه آسيبى بدانها نرسيده است.
به علت قرار گرفتن ساعت در سر در مسجد سردار، این بنا به مسجد ساعت (ساعتلو) نیز مشهور است
منبع: yjc.ir